NGS 凭借其高通量、低成本和靶标广泛的优势,自 2011 年起迅速发展并逐步应用于临床。然而,传统手工操作的 NGS 流程面临诸多挑战,如步骤繁琐、对操作人员专业性要求高、单次操作通量低,以及开放操作环境下的交叉污染风险等。这些问题使得越来越多的实验室迫切需要高质量的 NGS 自动化工作站,以延长无人值守时间,释放人力和时间成本。
纳昂达 NadAuto-16R 全自动 NGS 工作站应运而生,它的推出源于纳昂达对 NGS 全流程试剂的深刻理解和对湿实验操作挑战的洞察,专为 NGS 应用设计,旨在提供更高效、更精准的实验工具,以满足市场对高通量和高质量实验的需求。
01NGS 自动化全流程解决方案
此前,我们已对 NadAuto-16R 全自动 NGS 工作站及其试剂应用方案进行了详细介绍 (新品上线 | 基于 NadAuto-16R 的全自动 NGS 端到端解决方案正式发布)。近期,纳昂达将重磅推出 NadAuto-16R 量身定制的板式包装试剂,适用于预文库构建和杂交捕获,以进一步缩短试剂准备时间,优化操作体验。该设计将所有试剂预装于标准板材中,大幅减少了手动摆放和移液操作,不仅有效降低了人为出错风险,还显著提升了实验效率,使用户能够更顺畅地进行自动化操作。
图 1. NadAuto-16R 预文库构建和快速杂交捕获的 (板式包装) 全流程示意图。
02板式包装试剂的优化亮点
大幅缩短试剂准备时间:10 min 内即可启动实验
缩短自动化运行时长:免去设备冗长的试剂分装步骤,运行时长缩短 5%-8%*
灵活适配不同通量:支持可变样本,满足不同通量建库需求
全新铝膜热封工艺:保障运输与存储的密闭性和稳定性
无惧试剂损耗
节省存储空间
*预文库构建自动化运行时间以酶切 30
min,扩增 6 cycles 为例计算;快速杂交捕获自动化运行时间以杂交 1 hr,扩增 14 cycles 为例计算。
03适配的板式包装试剂方案
目前,NadAuto-16R 全自动 NGS 工作站首批适配的纳昂达预文库构建和杂交捕获试剂的板式包装如图所示:
图 2. 酶切法预文库构建试剂(NadPrep® EZ DNA Library Preparation Kit Plate, 8 rxn)的板式包装示例。
图 3. 快速杂交试剂(NadPrep® ES Hybrid Capture Reagents Kit Plate (for Illumina®), 8 rxn)的板式包装示例。
04产品表现
4.1 4/8 通量的酶切法预文库构建
应用 NadPrep® EZ DNA Library Preparation Kit
Plate (for Illumina®) 搭配 NadAuto-16R 内置脚本分别对 4 样本及 8 样本标准品进行多批次酶切法预文库构建测试。结果显示,文库产量在不同批次间均表现出较高的稳定性,平均文库产出达到 1200 ng 以上,CV 值保持在 7% 以下 (图 4. A)。此外,文库的插入片段分布均在预期范围内,与试剂盒使用说明书推荐参数保持一致 (图 4. B)。
图 4. 酶切法预文库构建的板式包装试剂的全基因组文库产出及片段分布。A. 文库产量;B. 文库插入片段。
注:样本为人类基因组 DNA 标准品 (Promega, G1471),投入量为 50 ng。
4.2 4/8/16 通量的 RNA
& DNA 共建库
应用 NadPrep® RNA & DNA Library
Co-Preparation Kit Plate (for Illumina®) 搭配 NadAuto-16R 内置脚本分别对 4 样本、8 样本、16 样本混合核酸进行多批次 RNA & DNA 共建库测试。结果显示,文库产量在不同批次间均表现出较高的稳定性,平均文库产出达到 1200 ng 以上,CV 值保持在 10 % 以下 (图 5. A)。此外,文库的插入片段分布均在预期范围内,与试剂盒使用说明书推荐参数保持一致 (图 5. B)。
图 5. RNA & DNA 共建库试剂盒的板式包装试剂的全基因组文库产出及片段分布。A. 文库产量;B. 文库插入片段。
注:混合核酸样本为 Human Brain Total RNA 标准品 (Clontech, 636530) 和人类基因组 DNA 标准品 (Promega,G1521) 以 1:1 进行混合,投入量为 100 ng。
4.3 4/8 通量的快速杂交捕获
应用 NadAuto-16R 内置脚本分别进行 4 通量及 8 通量的 2 hr 快速杂交反应 (单杂,500 ng/预文库投入,LC
Panel)。结果显示,捕获数据的平均中靶率保持在 72% 以上,符合预期 (图 6. A)。靶区域的 0.2x 平均深度覆盖区域达到 99%,0.5x 平均深度覆盖达到 94%,Fold 80 指标也良好地控制在了 1.5 以下,显示出优秀的覆盖均一性 (图 6. B)。值得注意的是,在独立的 4 批次杂交捕获中, 24 个反应均未表现出明显的 GC 偏好性 (图 6. C-F)。
图 6. 快速杂交捕获试剂盒的板式包装试剂的捕获表现。A. Q30、比对率、中靶率及重复率;B. 靶区域覆盖均一性;C-F. GC偏好。
纳昂达 NGS 自动化全流程解决方案提供从工作站到经过验证的试剂和耗材的全方位自动化支持,形成完整的文库构建和靶向捕获方案,一站式服务助力您的建库流程提质增效。后续我们还将陆续推出更多板式包装试剂流程,敬请期待!