RNA 捕获测序整体解决方案
应用背景
高通量测序可短时间、低成本的全面分析基因组情况，已在临床研究上得到越来越多的应用。相比于基因组学的 DNA 测序，转录组测序（RNA-seq）可将基因表达与生物学事件、细胞状态关联；这是由于基因表达受到遗传信息和表观遗传等因素共同作用，比如甲基化和组蛋白修饰。然而，由于转录组的长度不均和丰度差异，其检测的灵敏度往往受限。
RNA 的靶向捕获可富集特定 RNA 区域，提升测序的覆盖度和灵敏度，让稀有或低表达转录本的检测更高效，同时也可灵活定制，一次检测数个至数百个基因区域。纳昂达科技针对 MGISEQ/DNBSEQ™ 以及 Illumina® 平台提供 RNA 靶向富集 NGS 整体解决方案。
方案推荐
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cDNA 合成 |
文库构建 |
封阻序列 |
靶向捕获 |
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定制 panels |
相关产品仅限研究使用，不用于临床诊断。
不同起始量 RNA 转化后的 DNA 产量
图1. 不同投入量的细胞 RNA（10 ng，50 ng，100 ng 和 200 ng） 样本经 NadPrep® Total RNA-To-DNA Module 转化后的双链 DNA 产量。
高效富集靶向区域
图 2. Total RNA-Seq、rRNA-depleted RNA-Seq 和 RNAcap-Seq 的结果分析。NadPrep® Total RNA-To-DNA Module搭配 NadPrep® DNA 通用型文库构建试剂盒（for MGI）建库，捕获 Panel 为 NanOnco Plus Panel v2.0 ，分别进行：直接测序（Total RNA-Seq），去除 rRNA 测序（rRNA-depleted RNA-Seq）和捕获后测序（RNAcap-Seq）。A. 比较不同方法下 K562 细胞系和 FFPE 组织来源 rRNA 的占比，RNAcap 的 rRNA 占比最低。B. Total RNA-Seq、rRNA-depleted RNA-Seq 和 RNAcap-Seq，测序 reads 的占比显示 RNAcap 可有效富集外显子区域。C. 使用 RPKM 值比较不同 RNA-Seq 方法对 FFPE RNA 样本的基因表达差异，RNAcap-Seq 可明显富集靶区域，富集程度为 20-50 倍。
杂交捕获，单次见效
图 3. 不同 Panel 单次捕获与两次捕获时不同测序平台的结果分析。NadPrep® Total RNA-To-DNA Module 搭配 NadPrep® DNA 通用型文库构建试剂盒 (for MGI) 和 NadPrep® DNA 通用型文库构建试剂盒 (for Illumina®) 建库，并进行杂交捕获。A-B. MGI 平台捕获测序结果；C-D. Illumina® 平台捕获测序结果。不同大小 Panel 杂交捕获显示，单次捕获即可达到较高的富集程度。MGI 平台采用 MGISEQ-2000, PE100 测序，Illumina® 平台采用 Novaseq 6000, PE150 测序。
兼容多类型样本
图 4. FFPE RNA 样本质量对 RNACap 的影响。NadPrep® Total RNA-To-DNA Module 搭配 NadPrep® DNA 通用型文库构建试剂盒（for MGI）建库，RNAcap 使用 NanOnco Plus Panel v2.0。A. 不同 DV 200 值的 FFPE 样本中 rRNA 的占比；B. 不同 DV 200 值的 FFPE 样本的中靶率。高质量的 FFPE 样本（DV 200 > 60%）rRNA 占比 < 10%，RNACap 中靶率 > 80%；严重降解的 FFPE 样本（DV 200 < 30%）rRNA 占比显著升高且捕获效果明显降低。DV 200：长度超过 200 nt 的 RNA 片段所占的百百分比。
图 5. RNA 样本中 DNA 污染程度评估示例。NadPrep® Total RNA-To-DNA Module 搭配 NadPrep® DNA 通用型文库构建试剂盒（for MGI）建库，RNAcap 使用 NanOnco Plus Panel v2.0。建议使用特定靶区域（如已知的非转录区）计算的 DNA 污染结果，并针对 RNAcap 设置污染阈值，如 10 read counts/Gb data。
图 6. FFPE RNA 标准品融合基因检测示例。NadPrep® Total RNA-To-DNA Module 搭配 NadPrep® DNA 通用型文库构建试剂盒（for MGI）建库，RNAcap 使用 NanOnco Plus Panel v2.0。样本为经梯度稀释的菁良肿瘤融合 FFPE RNA 标准品（GW-OPSM001），纵坐标为标准化的 Spanning Reads 值。
