甲基化捕获测序整体解决方案
应用背景
DNA 胞嘧啶碱基的甲基化与基因表达的调控及染色质重塑密切相关，其在癌症的发生发展中也扮演了重要的作用。对基因组C碱基甲基化状态的精细分析有着重要的研究价值以及临床意义。通过亚硫酸氢盐或酶将未甲基化的 C 碱基转化为 U 碱基，而甲基化的 C 碱基不被转化，再结合高通量测序技术，可以大规模地以单碱基分辨率分析基因组甲基化状态。而靶向富集技术的引入，减小了测序成本，提升了目标区域测序深度，使得甲基化定向分析的效率大为提高。 纳昂达科技针对 MGISEQ / DNBSEQ 及 Illumina 测序平台提供甲基化靶向富集 NGS 整体解决方案，包括：基于亚硫酸氢盐或酶转化的甲基化测序文库构建试剂盒、针对转化后文库的液相杂交捕获探针设计及合成服务、液相杂交捕获体系及甲基化靶向富集 NGS 自动化分析平台。方案推荐
* 同时针对甲基化和非甲基化序列进行探针设计，更多详情请联系探针设计技术支持。
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文库构建 |
封阻序列 |
靶向捕获 |
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定制 panels
NadPrep®️ 杂交捕获试剂 |
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NadPrep®️ Methyl Library Preparation Module (for Illumina®️)
搭配 NadPrep®️ Methyl UDI Adapter Kit (for Illumina®️)
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定制 panels
NadPrep®️ 杂交捕获试剂 |
相关产品仅限研究使用，不用于临床诊断。
文库产出及转化效率
图 1. 不同类型样本及不同转化方式的建库表现。A. 不同类型样本的文库产出，B. 不同甲基化水平的模拟样本的文库产出及 C. λ DNA C 碱基转化效率。利用 NadPrep® 甲基化文库构建试剂盒搭配 NadPrep® Methyl Adapter (SI/MDI) Module (for MGI) 分别采用酶学 (EM) 和重亚硫酸盐 (BS) 方法转化后构建文库，MGISEQ-2000，PE 100 测序。A：酶学转化，B：重亚硫酸盐转化。
注：甲基化阳性对照 100% Methylated DNA (zymo, D5014-2) 和阴性对照 0% Methylated DNA (zymo,D5014-1)，经不同比例混合以模拟不同甲基化水平 (0%，10%，50% 和 100%)，投入量均为 50 ng。
捕获表现
图 2. 不同转化方式的捕获表现。A. 捕获数据比对率和中靶率， B. 靶区域覆盖度，C. 覆盖均一性和一致性及 D. GC 偏好性。利用 NadPrep® 甲基化文库构建试剂盒搭配 NadPrep® Methyl Adapter (MDI) Module (for MGI) 分别采用酶学和重亚硫酸盐方法转化后构建文库，以甲基化 demo Panel (60 K) 进行杂交捕获， MGISEQ-2000，PE 100 测序，按照 reads 数计算。
甲基化水平准确率
图 3. NadPrep® 不同甲基化水平样本经不同方式转化的甲基化靶向测序表现。A. 不同甲基化水平样本的实际检测结果及 B. 经酶学和重亚硫酸盐转化的靶区域 CpG 甲基化水平。利用 NadPrep® 甲基化文库构建试剂盒搭配 NadPrep® Methyl Adapter (MDI) Module (for MGI) 分别采用酶学和重亚硫酸盐方法转化后构建文库，以甲基化 demo Panel (60 K) 进行杂交捕获，MGISEQ-2000，PE 100 测序。
文库产出及转化效率
图 4. 不同转化方式的建库表现。A.两种不同类型接头经不同转化方式下的文库产出；B. 两种不同类型截短型接头经 EM 转化后的文库产出；C.不同转化方式下的转化效率。不同甲基化水平的模拟样本利用 NadPrep® Methyl Library Preparation Module 分别搭配 NadPrep® Methyl Stubby Adapter (UDI) Module (for Illumina®) (Stubby) 和 NadPrep® Methyl UDI Adapter Module (for Illumina®) (Full) 经酶学 (EM) 和重亚硫酸盐 (BS) 不同方法转化后构建文库。
注：样本为人甲基化阳性对照 100% Methylated DNA (zymo, D5014-2) 和阴性对照 0% Methylated DNA (zymo,D5014-1)，经不同比例混合以模拟不同甲基化水平 (0%，10%，50% 和 100%)，投入量均为 50 ng。B & C 搭配接头均为 Stubby。
捕获表现
图 5. 不同转化方式的捕获表现。A. 捕获数据比对率和中靶率， B. 靶区域覆盖度，C. 覆盖均一性和一致性及 D. GC 偏好性。利用 NadPrep® Methyl Library Preparation Module 搭配 NadPrep® Methyl Stubby Adapter (UDI) Module (for Illumina®) 分别采用酶学和重亚硫酸盐方法转化后构建文库，以甲基化 demo Panel (60 K) 进行杂交捕获，Novaseq 6000，PE 150 测序，On-target 按照 reads 数计算。
注：样本为人甲基化阳性对照 100% Methylated DNA (zymo, D5014-2) 和阴性对照 0% Methylated DNA (zymo, D5014-1)，经不同比例混合以模拟不同甲基化水平 (0%，10%，50% 和 100%)，投入量均为 50 ng。
甲基化水平准确率
图 6. 不同甲基化水平样本经不同方式转化的甲基化靶向测序表现。A. 经酶学转化的靶区域 CpG 甲基化水平；B. 经重亚硫酸盐转化的靶区域 CpG 甲基化水平。利用 NadPrep® Methyl Library Preparation Module 搭配 NadPrep® Methyl Stubby Adapter (UDI) Module (for Illumina®) 分别采用酶学和重亚硫酸盐方法转化后构建文库，以甲基化 demo Panel (60 K) 进行杂交捕获，Novaseq 6000，PE 150 测序。
注：样本为人甲基化阳性对照 100% Methylated DNA (zymo, D5014-2) 和阴性对照 0% Methylated DNA (zymo, D5014-1)，经不同比例混合以模拟不同甲基化水平 (0%，10%，50% 和 100%)，投入量均为 50 ng。
