通用截短型双端唯一接头解决方案（MGI & Illumina）

应用背景

随着基因测序相关技术的持续革新和应用领域的深入发展，行业竞争格局也在不断演化。MGI 平台测序仪在稳定产出高质量测序数据同时，相对于 Illumina 平台的重复率更低，Index hopping 问题也得到极大缓解。目前，市面上越来越多的用户同时持有 Illumina 和 MGI 双平台测序仪，为了尽最大可能地发挥出产能效益，是否可采用同一套文库既能在 Illumina平台又能在 MGI 平台测序？为了解决此问题，华大智造推出的 MGIEasy 通用文库转换试剂盒 (App-A) 可将 Illumina 平台文库转换成单链环状文库，并实现在 MGI 平台测序。然而这种方式需要额外增加 5-10 个循环的 PCR 扩增，引入扩增累积错误，并导致 MGI 平台的低数据冗余率优势被抹去。此外，Illumina 平台文库多为双端 8 nt Index，转化测序的读取也存在一定的不兼容。

因此，纳昂达科技推出 NadPrep® Universal Stubby Adapter (UDI) Module 系列接头模块，其全新设计的双端唯一 10 nt Index，不但可用于 Illumina 平台 8 nt 或 10 nt Index 读取模式，也可兼容 MGI 平台测序。当用于 MGI 平台时，构建的文库可直接环化后测序，无需转化。

方案推荐

文库构建

封阻序列

靶向捕获

测序平台

NadPrep® DNA 通用型文库构建试剂盒（for Illumina®）搭配 NadPrep® Universal Stubby Adapter (UDI) Module

NadPrep® NanoBlockers (for Illumina®)

NadPanel

Illumina® Systems

MGISEQ/DNBSEQ™

方案简介

NadPrep^® Universal Stubby Adapter (UDI) Module 为通用截短型接头，搭配唯一双端 10 nt 标签扩增引物，构建的文库为 Illumina 结构，且 5' 端磷酸化修饰，无需 App-A 转化，直接环化后可在 MGI 平台测序。NadPrep^® Universal Stubby Adapter (UDI) Module 设计为 4 Index 平衡：既符合 Illumina 平台 8 碱基 4 Index 最小色彩平衡，又同时符合 MGI 平台 10 碱基 4 Index 最小色彩平衡。

方案表现

四平衡设计优势

图 1. NadPrep^® Universal Stubby Adapter (UDI) 碱基平衡的设计优势。NadPrep^® Universal Stubby Adapter (UDI) Module 设计为 4 Index 平衡：≥ 4 个连续 Index 文库等比例混合测序时，Index 中各碱基即可满足 MGI 平台推荐的 ≥ 12.5% 比例。而 Illumina 平台的一些设计方案 (如图 I* UDI Adapter, P5 #1-12 Index)，即使多达 12 个连续 Index，仍无法满足测序要求。

均一的数据产出

图 2. NadPrep^® Universal Stubby Adapter (UDI) 的表现示例。A. 96 种 Index 类型文库产量。50 ng 片段化 gDNA (Promega female, G1521)，按 NadPrep^® DNA Library Preparation Kit (for Illumina^®) 说明书操作，分别使用 1~96，扩增 5 个循环，平均文库产出均 >500 ng；B. 96 种 Index 类型文库的数据有效拆分率。测序平台：Illumina Novaseq 6000，PE150；MGISEQ-2000, PE150。

有效提升数据准确度

图 3. NadPrep^® Universal Stubby Adapter (UDI) 文库的串扰分析。96 个不同 Index 的 WGS 文库混合后单条 lane 测序，测序模式：MGISEQ-2000， PE150。

注：绿色代表 perfectmatch 配对 barcode % ＞ 98.5%。

文库产出稳定高效

图 4. 搭配不同类型接头的文库产出。NadPrep^® DNA Library Prepration Kit (for Illumina^®) 分别搭配 NadPrep^® Universal Stubby Adapter (UDI) Module 和 NadPrep^® UDI Adapter Module (for Illumina^®) 在不同 gDNA 起始量下的文库产出。
注：样本为人类女性基因组 DNA (Promega-Female, G1521)。