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μCaler^®️ Total Solution for AML

μCaler^® AML MRD 全流程解决方案基于液相杂交靶向富集技术，专为成人急性髓系白血病 MRD 研究而设计。该方案精选的 MRD 靶标覆盖约 90% AML 病例的突变，可评估包含碱基替换、插入/缺失、基因融合在内的多种变异信息。结合双端分子标签和 μCaler^® 杂交捕获技术可实现超高检测灵敏度，且能够在单日内完成全部实验流程。 μCaler^® AML Panel v1.0 靶向成人急性髓系白血病常见变异，探针覆盖基因组约 42.5 Kb 区域，涉及 32 个基因，支持包括碱基替换、插入/缺失、基因融合在内的多种变异信息的富集，适用于 MRD 监测。

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方案表现

精准覆盖

● 参考多个数据库 (COSMIC & TCGA) 和指南，选取更有可能包含突变的区域

● ~90% 病例存在 1 个突变，~60% 病例存在 3 个及以上突变 (AML_OHSU_2022 cohort)

● 覆盖基因组约 42.5 Kb 区域，可检测 AML 相关 32 个基因的碱基替换、插入/缺失、基因融合

基因列表

ASXL1 Exon 12,13	BRINP3 Exon 3,8	CBL Exon 8,9	CEBPA* Full CDS	DNMT3A Exon 8-23	EZH2 Exon 4-6,8,13-20	FLT3 Exon 14,15,20	GATA2 Exon 3-6	HNRNPK Exon 4-6,10,12,15,16	IDH1 Exon 4	IDH2 Exon 4
JAK2 Exon 14	KIT Exon 8,17	KMT2A† Intron 8-10	KRAS Exon 2,3	MYH11† Intron 32	NPM1 Exon 10,11	NRAS Exon 2,3	PHF6* Full CDS	PTEN Exon 5,7	PTPN11 Exon 3,13	RAD21* Full CDS
RUNX1* Full CDS	SF3B1 Exon 14,15	SMC1A EXON 2,9,11,13,15-17,22		SMC3 Exon 9,10,13,19,24,25,27		SRSF2 Exon 1	STAG2 Exon 4,5,7-9,14,16,18,19,24,26-30		TET2* Full CDS	TP53* Full CDS
U2AF1 Exon 2	WT1 Exon 6-9

注：*覆盖全部 CDS 区域；†覆盖融合相关内含子区域。

低背景噪音

图 1. 采用不同片段化方法学经 DCS211 分析标准过滤后的背景噪音。A. 常规酶切片段化；B. 超声打断；C. NadPrep^® NEM 片段化。NadPrep^® NEM 片段化相较于其他两种方法学从源头上显著减少背景噪音。

灵敏度更高

图 2. 不同 Input 条件下， μCaler^®AML MRD 全流程解决方案与超声打断建库检测到的 Duplex depth (DCS211)。参照 μCaler^®AML MRD 全流程解决方案使用说明书；以双链一致性序列 (Duplex Consensus Sequences, DCS211) 为标准进行过滤，测序模式为 Illumina Novaseq 6000，PE150。

测序成本更低

图 3. 达到特定深度下， μCaler^®AML MRD 全流程解决方案与常规杂交捕获方式所需的最低测序数据量 (满足双链一致性分析)。

注：Traditional 为常规杂交捕获方式，按照中靶率 15% 计算。

稳定高效

图 4. μCaler^® AML MRD 全流程解决方案不同实验批次的稳定性表现。A. 中靶率；B. 测序产出均一性。DNA 样本参照 μCaler^® AML MRD 全流程解决方案使用说明书进行预文库构建和文库杂交。利用 BWA 比对到参考基因组 hg19，On-target 按照 reads 数计算。

高效便捷

捕获表现

图 5. μCaler^®AML MRD 全流程解决方案的基础捕获表现。300 ng 片段化 DNA 投入构建预文库，参照 μCaler^®AML MRD 全流程解决方案使用说明书，以 μCaler^® AML Panel v1.0 完成杂交捕获。利用 BWA 比对到参考基因组 hg19，On-target 按照 reads 数计算。A. 捕获数据的比对率、中靶率及靶区域覆盖度；B. 测序深度；C. 靶区域覆盖均一性。
注：样本来源于泛肿瘤 800 gDNA 标准品 (Genewell，GW-OGTM800) 与人类男性基因组 DNA 标准品 (Promega, G1471) 按比例混合，以模拟不同突变频率 (0.025%~0.1%) 的样本。

变异分析

图 6. μCaler^®AML MRD 全流程解决方案的变异分析。300 ng 片段化 DNA 投入构建预文库，参照 μCaler^®AML MRD 全流程解决方案使用说明书，以 μCaler^® AML Panel v1.0 完成杂交捕获。A. 平均深度(DCS211 ≥ 1)；B. 支持突变的有效 reads 数；C. 理论与检出的突变频率。
注：测序模式为 Illumina Novaseq 6000，PE150。

NEM 片段化模块

管盖颜色	名称	包装体积 1002801（24 rxn）
	NEM Fragment Buffer	60 μL
	NEM Fragment Enzyme Mix	60 μL
	Stop Solution	150 μL

通用建库模块

包装编号	管盖颜色	组分名称	包装体积 1002101 (24 rxn)	包装体积 1002103 (96 rxn)
Box1		EndRepair & A-Tailing Buffer	180 µL	690 µL
		End Repair & A-Tailing Enzyme	120 µL	460 µL
		Ligation Buffer	750 µL	2×1500 µL
		DNA Ligase	65 µL	250 µL
		2X HiFi PCR Master Mix	720 µL	2×1600 µL
		NadPrep Amplification Primer Mix II	145 µL	650 µL
	/	Nuclease Free Water	2.5 mL	8 mL
		TE Solution	1 mL	4 mL
Box2	/	NadPrep SP Beads	4 mL	15 mL

包装编号	管盖颜色	组分名称	包装体积 1002211(24 rxn)	包装体积 1002212 (96 rxn)
Box1		EndRepair & A-Tailing Buffer	180 µL	690 µL
		End Repair & A-Tailing Enzyme	120 µL	460µL
		Ligation Buffer	750 µL	2×1500 µL
		DNA Ligase	65 µL	250 µL
		2X HiFi PCR Master Mix	720 µL	2×1600 µL
		NadPrep M-Amplification Primer Mix (for MGI, SI)	20 µL	75 µL
		NadPrep M-Amplification Primer Mix (for MGI, DI)	20 µL	75 µL
		NadPrep M-Amplification Primer Mix (for MGI, DI)	20 µL	75 µL
	/	Nuclease Free Water	2.5 mL	8 mL
		TE Solution	1 mL	4 mL
Box2	/	NadPrep SP Beads	4 mL	15 mL

分子标签接头模块

管盖颜色	组分名称	包装体积 1103111 (24 rxn)	包装体积 1103121 (96 rxn)	包装体积 1103122 (96 rxn)
	NadPrep Universal UDI-Index Primer Mix #	12×15 µL	24×25 µL	24×25 µL
	NadPrep UMI Adapter	60 µL	230 µL	230 µL
	NadPrep Amplification Primer Mix II	20 μL	75 μL	75 μL

管盖颜色	组分名称	包装体积 1003911 (24 rxn)	包装体积 1003921 (96 rxn)	包装体积 1003922(96 rxn)	包装体积 1003925 (96 rxn)	包装体积 1003926 (96 rxn)
	NadPrep M-Index (MDI) Primer Mix #	12×15 µL	24×25 µL	24×25 µL	24×25 µL	24×25 µL
	NadPrep BMI-Adapter	60 µL	230 µL	230 µL	230 µL	230 µL

封阻序列

管/瓶盖颜色

名称

包装体积

1106102 (16 rxn)

包装体积

1106101 (96 rxn)

μCalerNanoBlockers (for Illumina^®)

40 μL

210 μL

管/瓶盖颜色

名称

包装体积

1106212 (16 rxn)

包装体积

1106211 (96 rxn)

μCalerNanoBlockers (for MGI, DI)

40 μL

210 μL

杂交捕获试剂

包装编号	管/瓶盖颜色	名称	包装体积 1105202 (16 rxn)	包装体积 1105201 (96 rxn)
包装编号	管/瓶盖颜色	名称	包装体积 1105202 (16 rxn)	包装体积 1105201 (96 rxn)
Box 1		μHyb #1	840 μL	3×1700 μL
		μHyb #2	130 μL	790 μL
		Human Cot DNA	45 μL	260 μL
		μEnhancer	1300 μL	5×1600 μL
Box 2		Streptavidin Beads	480 μL	2.9 mL
	/	Wash Buffer A Pro	2×5.8 mL	3×23 mL
	/	Wash Buffer B	2.9 mL	20 mL

捕获 Panel

货号	管盖颜色	产品名称	包装体积
1101412		μCaler AML Panel v1.0, 16 rxn	40 μL
1101411		μCaler AML Panel v1.0, 96 rxn	210 μL

类别	产品名称	规格	货号
NME 片段化模块	NadPrep® NEM Fragment Module, 24 rxn	24 rxn	1002801
建库模块	NadPrep® DNA Library Preparation Kit (for Illumina®) G24	24 rxn	1002101
	NadPrep® DNA Library Preparation Kit (for Illumina®) E96	96 rxn	1002103
	NadPrep®️ DNA Library Preparation Module (for MGI), 24 rxn	24 rxn	1002211
	NadPrep®️ DNA Library Preparation Module (for MGI), 96 rxn	96 rxn	1002212
分子标签接头模块	NadPrep® UMI Adapter Kit Set A1 (with 10 nt Index), 24 rxn	1-12	1103111
	NadPrep® UMI Adapter Kit Set B1 (with 10 nt Index), 96 rxn	1-24	1103121
	NadPrep® UMI Adapter Kit Set B2 (with 10 nt Index), 96 rxn	25-48	1103122
	NadPrep®️ BMI Adapter (MDI) Module Set A1 (for MGI), 24 rxn	MDI 1-12	1003911
	NadPrep®️ BMI Adapter (MDI) Module Set B1 (for MGI), 96 rxn	MDI 1-24	1003921
	NadPrep®️ BMI Adapter (MDI) Module Set B2 (for MGI), 96 rxn	MDI 25-48	1003922
	NadPrep®️ BMI Adapter (MDI) Module Set B3 (for MGI), 96 rxn	MDI 49-72	1003925
	NadPrep®️ BMI Adapter (MDI) Module Set B4 (for MGI), 96 rxn	MDI 73-96	1003926
封阻序列	μCaler® NanoBlockers (for Illumina®), 16 rxn	16 rxn	1106102
	μCaler® NanoBlockers (for Illumina®), 96 rxn	96 rxn	1106101
	μCaler® NanoBlockers (for MGI, DI), 16 rxn	16 rxn	1106212
	μCaler® NanoBlockers (for MGI, DI), 96 rxn	96 rxn	1106211
杂交捕获试剂	μCaler® Hybrid Capture Reagents v2, 16 rxn	16 rxn	1105202
杂交捕获试剂	μCaler® Hybrid Capture Reagents v2, 96 rxn	96 rxn	1105201
捕获 Panel	μCaler® AML Panel v1.0, 16 rxn	16 rxn	1101412
捕获 Panel	μCaler® AML Panel v1.0, 96 rxn	96 rxn	1101411