全面、准确评估免疫球蛋白(IG)/T细胞受体(TR)基因重组的新品来了！
01
// 背景
T 淋巴细胞特异表达的 T 细胞受体 (TR) 和 B 淋巴细胞特异表达的免疫球蛋白 (IG) 均具有特定的互补决定区(CDR, complementarity-determining regions)，能与 MHC-抗原肽分子进行识别并特异性结合。互补决定区的多样性是适应性免疫应答机制的重要基石。数量众多的 IG 和 TR 基因编码区段，通过 V(D)J 重排以及接合处进一步的碱基变化，提供了这种多样性。CDR 由CDR1、CDR2 和 CDR3 组成，其中 CDR1 和 CDR2 经由 V 基因编码，CDR3 经由 V、D、J 编码形成，多样性最高。对于免疫应答的研究和免疫疗法的应用，如肿瘤预后评价、白血病微小残留病变监测、自身免疫性疾病诊断和疾病生物标志物开发等，序列水平的免疫组库分析都是重要的环节。
02
// 产品简介
纳昂达 IGTR Panel v1.0 针对人基因组中全部的重排前编码区段设计，利用杂交捕获技术中探针与靶序列结合的高容错性优势，可同时兼容重组前/重组后，以及 DNA 水平或 RNA 水平的 IG/TR 基因完整编码区捕获测序。
IGTR Panel v1.0 设计时参考已知基因组序列，并覆盖如表1. 所示的 V、D、J、C 基因。发生 V(D)J 重组后，接合处的序列可通过两侧的探针捕获。在 RNA 水平，对于剪接之后的序列，探针也同样能够有效结合并满足杂交捕获的需要（图1.）。
►表1. IGTR Panel v1.0 基因列表
►图1. IGTR Panel v1.0 探针对 TRA 重组前、重组后以及 cDNA 序列的覆盖分布。
cDNA 序列与重组前的基因组序列差异最大。但如图2. 所示，由于两侧均存在足够的探针结合区域，CDR3 区域同样被有效地捕获。
►图2. RAMOS细胞系 (IGHV4-34_IGHJ6，IGLV2-14_IGLJ2) 和JURKAT细胞系 (TRAV8-4_TRAJ3，TRBV12-3_TRBJ1-2) 转录本文库经 IGTR Panel v1.0 捕获测序，相应转录本的探针覆盖情况 (深蓝) 和CDR3 所对应的区域 (浅蓝)。
用于 DNA 水平的捕获测序时，IGTR Panel v1.0 则可以直接显示重组实际发生的模式。图3. 为 JURKAT 细胞 DNA 文库以 IGTR Panel v1.0 捕获测序时，TRAV8-4 与 TRAJ3 间的重组 reads。
►图3. JURKAT 细胞 DNA 文库以 IGTR Panel v1.0 捕获测序，比对到hg38 基因组。
03
// 产品表现
与基于 5’RACE 的扩增子测序免疫组库分析相比，IGTR Panel v1.0 覆盖了完整的基因，而不仅仅是 CDR。这扩展了 IGTR Panel v1.0 的应用场景，但更完整的基因区域也从一般最受关注的 CDR3 区域“分走”了测序数据。不过在实际使用中，RNA 水平的免疫组库分析灵敏度并不会因为测序区域的扩展而降低。如图4. 所示，通过对细胞系 RNA 梯度稀释来显示的检测下限，IGTR Panel v1.0 与扩增子类产品处于相似的水平。同等条件下，扩增子测序尽管可以获得更多测序Reads，但是多为 PCR 重复，无法带来实质性的灵敏度提升。
在 DNA 水平，由于重组中未被切除的基因片段，以及不表达的其他 IG/TR 基因均会被测序，检测灵敏度与 RNA 水平相比有明显的降低。因此，DNA 流程更推荐在单克隆样本或是要求对多克隆样本以等拷贝数进行分析时采用。
►图 4. IGTR Panel v1.0 对 DNA 和 RNA 文库捕获的灵敏度表现。利用 NadPrep® Total RNA-To-DNA Module 搭配 NadPrep® DNA 通用型文库构建试剂盒 (for Illumina®) 建库，以 IGTR Panel v1.0 完成杂交捕获。测序模式为 Illumina Novaseq 6000，PE150。
►注：RAMOS+JURKAT DNA 以人类男性基因组 DNA (Promega-male, G1471) 梯度稀释；RAMOS+JURKAT RNA 以外周血白细胞总 RNA (TAKARA, 636592) 梯度稀释。
IGTR Panel v1.0 同时捕获 IG/TR 两类基因，如图5. 所示，样本中二者的比例变化可以直观体现。虽然不同样本中这一比值可能出现很大的差异，但中靶率并不会受到影响。
►图5. 真实白细胞样本 RNAseq 文库以 IGTR Panel v1.0 捕获测序，以 salmon 比对。测序数据中 IG 和 TR 数据量占比、中靶率、以及核糖体 RNA 数据量占比的分布情况。
后续，我们将进一步分享 IGTR Panel v1.0 应用于免疫组库测序的案例和生信分析方法，敬请期待。
04
// 订购信息
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序号 |
产品名称 |
货号 |
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1 |
IGTR Panel v1.0, 16 rxn 免疫球蛋白和T细胞受体基因检测组套v1.0，16反应 |
1001942
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2 |
IGTR Panel v1.0, 96 rxn 免疫球蛋白和T细胞受体基因检测组套v1.0，96 反应 |
1001941
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关于纳昂达科技
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纳昂达科技秉承“ Nano Trans More ”的核心理念和“靶向精准，用心服务诊断”的奋斗宗旨，致力于为科研院校、医疗机构、临检单位、产业公司、测序服务商等提供专业化和高质量的靶向测序产品与闭环解决方案。
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纳昂达专注于精准靶向试剂和配套自动化仪器的开发、生产、销售和服务，目前拥有 MGI 和 Illumina 双测序平台多款NadPrep®文库构建试剂盒和全套液相杂交相关产品。明星产品包括 NGS 全流程自动化工作站、肿瘤全外显子 Panel、泛实体瘤和血液肿瘤 Panel 以及呼吸道病毒 Panel 等，并提供全面完善的双平台捕获探针定制化服务。纳昂达科技的靶向捕获产品拥有与国际同行业媲美的高质量水准，获得了客户一致的信赖。
纳昂达的销售网络覆盖全国并已外延至海外地区。纳昂达将与客户共成长，对客户的需求全力以赴，为全球用户提供靶向测序解决方案和 IVD 试剂原料。
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