XCapert 探针设计平台升级啦！！！

2021 年 9 月，纳昂达正式上线【XCapert 探针设计平台】，详情请点击（来吧，Panel 起来！- XCapert 探针设计平台），不知道大家有没有去了解试用呢？

微信作为公共媒介通过公众号服务号、订阅号等向用户推送更符合用户需求的信息，极大地便利了人们的沟通交流和信息反馈。为了方便用户实时跟进了解探针设计进度和获取平台信息，XCapert 探针设计平台推出了微信公众号绑定功能，绑定后即能扫码登录，免去了需要输入账号和密码的步骤，流程图见图1。

XCapert 探针设计平台绑定微信公众号步骤如下：

图 1. 微信公共号绑定免密登录流程

此外，XCapert 探针设计平台账号和公众号绑定后，用户在 XCapert 探针平台上的设计、新增的注释功能完成时，公众号会第一时间发送完成消息通知，用户还可以在微信 XCapert 探针定制公众号底部菜单栏的会员中心查看历史订单消息。自从关注了 XCapert 探针定制公众号，妈妈再也不用担心我迷路了~

考虑到对英语更熟悉的人群，XCapert 探针设计平台增加了语言切换功能，目前仅支持中文和英文的切换。用户可在登录界面右上角切换中英文，或者登录后在“语言/Language”中切换中英文，见图2。此外，XCapert 设计结果报告为了适应双语用户，也同步调整为双语。

图 2. XCapert 平台中英文界面

靶区域设计出的探针捕获覆盖情况是大家最为关心的，所以为了更为直观地为用户展示设计的探针捕获情况，XCapert 探针设计平台对经过纳昂达验证的探针（NadProbe Validated）提供了 demo 数据的 BAM 文件在线浏览功能，供客户参考。

当用户进行 DNA panel 探针设计，数据库选择了 NadProbe Validated，设计区域选择 CDS，探针密度选择 1x，设计完成时点击进入设计详情，点击数据验证，即可查看设计的探针的覆盖度情况，见图3：

图 3. 探针覆盖情况在线浏览

其中：

1） BAM file：demo 数据在设计探针处的 reads 比对 BAM 格式文件

2） Coverage：demo 数据在设计探针处的 reads 覆盖度

3） Design BED：设计探针覆盖区域

4） Genome：基因组信息

5） GFF3：基因组 GFF3 文件信息

6） Risk Region：危险区域

上述文件被勾选后，会依次展示在右边界面。用户可以点击右边文件，按照自己喜好调整展示形式；同时用户可以直接在输入栏中输入基因名或区域，可直接跳转目的区域。

注意哦，纳昂达验证的探针的覆盖度仅仅为大家提供一个参考，实际探针合成后捕获数据的测序深度与众多因素有关，比如：探针靶区域同源性、探针质量、探针保存是否妥当、样本DNA质量、实验操作步骤是否合规等，不要陷入马斯洛的锤子陷阱中~

为了让用户设计区域探针时更加深入了解捕获区域的基因功能信息，XCapert 探针设计平台对 DNA Panel 和 Methylation Panel 设计结果增加基因区域注释功能。本功能主要利用公开数据库对目标捕获区域进行简单的注释，比如 Clinvar 数据库对于设计目标区域进行突变人群频率和临床致病性的注释。

点击设计订单列表中任意 DNA Panel 和 Methylation Panel 设计，在设计区域展示中选择要进行注释的区域（图4），然后选择特定数据库（数据库默认全选），点击注释按钮即可提交注释任务，注释完成后点击跳转查看注释汇总结果（图5）和注释具体详情结果（图6）。

图 4. 设计区域注释选择页面

图 5. 设计区域注释结果汇总页面

图 6. 设计区域注释结果详细结果页面

注释功能主要针对基因和 Reference SNP (rs) 进行注释，如果输入为 NM、Ensembl ID、CCDS ID，统一转化为基因进行注释，如果输入为 bed 区域，会抓取与 bed 区域有重叠的基因进行注释。注释详情页面左边栏可以下载被注释基因和 Reference SNP 的各个数据库结果，也可以点进单个基因或 Reference SNP 中下载特定基因或 Reference SNP 的数据库结果。