适用于片段化后 DNA 分布范围较宽且期望得到稳定的数据产出的情况。但获得狭窄峰型也会降低文库丰度,故操作少量样本时应注意损耗。双筛分为片段化后双筛、连接后双筛两种。在双筛的过程中短片段损失更多但分布更集中,而长片段与之相反。由于连接后双筛时已引入了接头,因此相对片段化后双筛损失更少,但峰型相对较宽。此时还应注意:
• 任意形式的双筛都会带来 DNA 的损耗,因此扩增循环数需要至少增加 1 个循环;
• 任意形式的双筛都会带来原始文库丰度的损耗,可能会导致测序数据中的重复率的增加;
• 打断片段的平均大小应接近预期片段大小,以减少样本损失。
文库长度分布可通过凝胶电泳、Bioanalyzer或者 Bioptic(Qsep)等生物分析系统进行检测,但应注意不同分析仪器的文库片段读数可能会存在一定的偏差。常见的异常文库片段分布原因如下:
异常峰型 |
产生原因 |
解决办法 |
---|---|---|
有短片段(~100 bp)小峰 |
接头冗余 |
合适的Input DNA量和接头使用量;注意加样及连接条件 |
有双峰(额外单个短片段峰) |
过度扩增 |
降低Input DNA量,降低扩增循环数 |
额外有长片段峰 |
磁珠残留 |
纯化步骤时小心操作,以去除全部磁珠 |