单独合成 单独质控
捕获表现
图 2. NEXome Core Panel 对不同 gDNA 文库的捕获表现。
A. 捕获数据比对率和捕获效率; B. 靶区域覆盖度;C. 覆盖均一性和一致性;D. GC 偏好性。300 ng gDNA 利用 NadPrep® 文库构建系列试剂盒建库,以 NEXome Core Panel (6 plex) 完成杂交捕获。利用 BWA 比对到参考基因组 hg38,按照 reads 数计算。测序平台:Illumina Novaseq 6000,PE150;DNBSEQ-T7,PE150。
注:Male:人类男性基因组 DNA (Promega-Male, G1471);Female:人类女性基因组 DNA (Promega-Female, G1521)。
图 3. NEXome Core Panel 捕获数据中变异频率与标准品频率的一致性。
利用 NadPrep® 文库构建系列试剂盒建库,以 NEXome Core Panel 完成杂交捕获,Vardict 进行变异分析。测序平台:Illumina Novaseq 6000,PE150;DNBSEQ-T7,PE150。
注:样本为泛肿瘤 800 gDNA 标准品 (菁良,GW-OGTM800),投入量 100 ng。
图 4. 不同外显子组 Panel 对不同 gDNA 文库的捕获效率和靶区域覆盖均一性的比较。
A. 捕获中靶率;B. 靶区域覆盖均一性;C. 靶区域覆盖深度。利用 BWA 比对到参考基因组 hg38,按照 reads 数计算。测序平台:Illumina Novaseq 6000,PE150。
图 5. 相同测序数据量下不同全外显子组 Panel 在 80% 靶区域可达到的覆盖深度。
图 6. NEXome Core Panel 实际覆盖情况示例。
货号 |
管盖
颜色 |
产品名称 |
包装
体积 |
包装/储存温度 |
1001852 |
|
NEXome Core Panel, 16 rxn |
70 μL |
–20℃ |
1001851 |
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NEXome Core Panel, 96 rxn |
415 μL |
–20℃ |
可能原因 | 解决方案 |
样本存在反应抑制剂 (如 EDTA、高 pH 值等) | 对样本进行纯化后再进行试验 |
试剂保存不当 | 试剂总量较大时,建议分装使用,避免反复冻融 |
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产品 | 货号 |
NEXome Core Panel, 96 rxn | 1001851 |
NEXome Core Panel, 16 rxn | 1001852 |
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