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NadPrep^®️ Total RNA-To-DNA Module

货号：

#1002401 #1002402

NadPrep^®️ Total RNA-To-DNA Module 是针对高通量测序平台开发的总 RNA 反转专用处理模块。该模块可以将起始模板量为 10-200 ng 的人总 RNA（细胞，组织或 FFPE 样本来源）反转成片段化的双链 DNA。该模块产物可以衔接 NadPrep^® DNA 通用型文库构建试剂盒，无需再进行片段化处理。

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产品特色

兼容性强，有效反转多种类型样本，包括细胞/新鲜组织/FFPE 总 RNA 样本

反转效率高且稳定，确保双链 DNA 文库产量

可衔接 NadPrep^®DNA 通用型文库构建试剂盒，无需额外的片段化处理

建库应用

应用方向	样本类型	推荐起始量
RNA 靶向捕获测序	细胞	10-200 ng
	组织	10-200 ng
	FFPE	20-200 ng

建库流程

双链DNA合成

产品表现

不同起始量 RNA 转化后的 DNA 产量

图1. 不同投入量的细胞 RNA（10 ng，50 ng，100 ng 和 200 ng）样本经 NadPrep^® Total RNA-To-DNA Module 转化后的双链 DNA 产量。

高效富集靶向区域

图 2. Total RNA-Seq、rRNA-depleted RNA-Seq 和 RNAcap-Seq 的结果分析。NadPrep^® Total RNA-To-DNA Module 搭配 NadPrep^® DNA 通用型文库构建试剂盒（for MGI）建库，捕获 Panel 为 NanOnco Plus Panel v2.0 ，分别进行：直接测序（Total RNA-Seq），去除 rRNA 测序（rRNA-depleted RNA-Seq）和捕获后测序（RNAcap-Seq）。A. 比较不同方法下 K562 细胞系和 FFPE 组织来源 rRNA 的占比，RNAcap 的 rRNA 占比最低。B. Total RNA-Seq、rRNA-depleted RNA-Seq 和 RNAcap-Seq，测序 reads 的占比显示 RNAcap 可有效富集外显子区域。C. 使用 RPKM 值比较不同 RNA-Seq 方法对 FFPE RNA 样本的基因表达差异，RNAcap-Seq 可明显富集靶区域，富集程度为 20-50 倍。

杂交捕获，单次见效

图 3. 不同 Panel 单次捕获与两次捕获时不同测序平台的结果分析。NadPrep® Total RNA-To-DNA Module 搭配 NadPrep® DNA 通用型文库构建试剂盒 (for MGI) 和 NadPrep® DNA 通用型文库构建试剂盒 (for Illumina®) 建库，并进行杂交捕获。A-B. MGI 平台捕获测序结果；C-D. Illumina® 平台捕获测序结果。不同大小 Panel 杂交捕获显示，单次捕获即可达到较高的富集程度。MGI 平台采用 MGISEQ-2000, PE100 测序，Illumina® 平台采用 Novaseq 6000, PE150 测序。

兼容多类型样本

图 4. FFPE RNA 样本质量对 RNACap 的影响。NadPrep^® Total RNA-To-DNA Module 搭配 NadPrep^® DNA 通用型文库构建试剂盒（for MGI）建库，RNAcap 使用 NanOnco Plus Panel v2.0。A. DV 200 值与 rRNA 占比；B. DV 200 值与中靶率。高质量的 FFPE 样本（DV 200 > 60%）rRNA 占比 < 10%，RNACap 中靶率 > 80%；严重降解的 FFPE 样本（DV 200 < 30%）rRNA 占比显著升高且捕获效果明显降低。DV 200：长度超过 200 nt 的 RNA 片段所占的百分比。

gDNA 评估示例

图 5. RNA 样本中 DNA 污染程度评估示例。NadPrep^® Total RNA-To-DNA Module 搭配 NadPrep^® DNA 通用型文库构建试剂盒（for MGI）建库，RNAcap 使用 NanOnco Plus Panel v2.0。建议使用特定靶区域（如已知的非转录区）计算的 DNA 污染结果，并针对 RNAcap 设置污染阈值，如 10 read counts/Gb data。

融合检测示例

图 6. FFPE RNA 标准品融合基因检测示例。NadPrep^® Total RNA-To-DNA Module 搭配 NadPrep^® DNA 通用型文库构建试剂盒（for MGI）建库，RNAcap 使用 NanOnco Plus Panel v2.0。样本为经梯度稀释的菁良肿瘤融合 FFPE RNA 标准品（GW-OPSM001），纵坐标为标准化的 Spanning Reads 值。

兼容双测序平台

图 7. RNAcap-Seq 在不同测序平台的常规质控参数比较。 NadPrep® Total RNA-To-DNA Module 分别搭配 NadPrep® DNA 通用型文库构建试剂盒 (for MGI) 和 NadPrep® DNA 通用型文库构建试剂盒 (for Illumina®) 建库，以 NanOnco Plus Panel v2.0 和 Ext-RNA Control Panel 混合后进行杂交捕获。使用 K562 细胞系 RNA 和菁良肿瘤融合 FFPE RNA 标准品（GW-OPSM001）比较 RNAcap-Seq 在 MGI 和 Illumina® 测序平台的质控参数，A. 中靶率; B. rRNA 占比; C. ERCC 含量; D. ERCC 基因数，两者差异不大。MGI 平台采用 MGISEQ-2000, PE100 测序，Illumina® 平台采用 Novaseq 6000, PE150 测序。

图 8. RNAcap-Seq 在不同测序平台的转录本覆盖度比较。NadPrep® Total RNA-To-DNA Module 分别搭配 NadPrep® DNA 通用型文库构建试剂盒 (for MGI) 和 NadPrep® DNA 通用型文库构建试剂盒 (for Illumina®) 建库，以 NanOnco Plus Panel v2.0 和 Ext-RNA Control Panel 混合后进行杂交捕获。使用 A. K562 细胞系 RNA 和 B. 菁良肿瘤融合 FFPE RNA 标准品（GW-OPSM001）比较 RNAcap-Seq 在 MGI 和 Illumina® 测序平台的转录本覆盖均匀性。MGI 平台采用 MGISEQ-2000, PE100 测序，Illumina® 平台采用 Novaseq 6000, PE150 测序。

图 9. RNAcap-Seq 在不同测序平台的靶基因表达比较。NadPrep® Total RNA-To-DNA Module 分别搭配 NadPrep® DNA 通用型文库构建试剂盒 (for MGI) 和 NadPrep® DNA 通用型文库构建试剂盒 (for Illumina®) 建库，以 NanOnco Plus Panel v2.0 和 Ext-RNA Control Panel 混合后进行杂交捕获。使用 A. K562 细胞系 RNA 和 B. 菁良肿瘤融合 FFPE RNA 标准品（GW-OPSM001）比较 RNAcap-Seq 在 MGI 和 Illumina® 测序平台的靶基因表达。MGI 平台采用 MGISEQ-2000, PE100 测序，Illumina® 平台采用 Novaseq 6000, PE150 测序。

本产品仅限研究使用，不用于临床诊断。

RNA-To-DNA 模块

包装编号	管盖颜色	组分名称	包装体积 1002401 (24 rxn)	包装体积 1002402 (96 rxn)
Box1		1st Strand Synth. Buffer	120 µL	460 µL
		Random Primer	30 µL	115 µL
		1st Strand Synth. Enzyme	60 µL	230 µL
		2nd Strand Synth. Buffer	810 µL	2×1550 µL
		2nd Strand Synth. Enzyme	90 µL	345 µL
	/	Nuclease Free Water	2.5 mL	8 mL
Box2	/	NadPrep SP Beads	2.5 mL	10 mL

如何确认 RNACap 过程的 DNA 污染？

完整标题：如何确认 RNACap 过程的 DNA 污染？

推荐靶向捕获 Panel 中包含 Non-exonic 区域探针或与 Non-exonic control panel 混合使用，以便确认或评估 DNA 污染。

是否有标准品推荐，以检测实验流程及数据质控？

完整标题：是否有标准品推荐，以检测实验流程及数据质控？

纳昂达推荐使用标准品 ERCC（External RNA Control Consortium） RNA Spike In Mix（货号，4456740），此序列包含 92 条长约 250-2000 nt 的寡聚核苷酸。可参考说明书推荐，掺入待测 RNA 样本中，再按常规流程进行文库构建，后续搭配纳昂达 Ext-RNA Control Panel v1.0, 96 rxn（货号，1001651），进行靶向测序的 ERCC 标准曲线分析。

Total RNA-seq、rRNA-depleted RNA-seq 和 RNA-Cap 选择？

完整标题：Total RNA-seq、rRNA-depleted RNA-seq 和 RNA-Cap 选择？

纳昂达内部测试了直接测序（Total RNA-seq）、去除 rRNA 后测序（rRNA-depleted RNA-seq）和捕获后测序（RNA-Cap）。结果显示，Total RNA-seq 与 rRNA-depleted RNA-seq 的基因表达基本一致，且无明显富集，RNA-Cap 则可明显富集靶区域。

纳昂达推荐提取后的总 RNA 使用总 RNA 逆转录模块搭配 DNA 通用建库模块及靶向捕获模块，进行 RNA-Cap 的靶向捕获，可获得更高的测序量及目的靶区域信息。

提取好的总 RNA 是否有必要进行 rRNA 的去除？有何推荐？

完整标题：提取好的总 RNA 是否有必要进行 rRNA 的去除？有何推荐？

如后续直接测序，建议去除。总RNA逆转录模块可兼容市场上其他rRNA商用试剂盒定向去除，如NEBNext^® rRNA Depletion Kit v2（NEB），AnyDeplete Module（NuGen）等。如后续用于靶向捕获则可无需去除。

总 RNA 逆转录模块适用样本范围及具体要求有哪些？

完整标题：总 RNA 逆转录模块适用样本范围及具体要求有哪些？

总 RNA 逆转录模块兼容多种类型样本，包括细胞、组织、FFPE 样本等。对于复杂样本的处理（如 FFPE 组织样本），推荐从源质控。样本应选取合适的提取试剂盒，并进行相应的定量及片段质检，建议如下：

类别	要求
提取试剂盒推荐	细胞系 RNA	AllPrep DNA/RNA Mini Kit（Qiagen；货号，80204）
	FFPE RNA	AllPrep DNA/RNA FFPE Kit（Qiagen；货号，80234）
定量	基于分光光度计原理的NanoDrop和基于荧光染料的 Qubit® RNA HS Assay 定量
纯度	OD₂₆₀/OD₂₈₀=1.7-2.0。OD₂₆₀/OD₂₈₀>2.0 表明有异硫氰酸污染，<1.7 表明有蛋白质等污染
完整性	定量法	RNA IQ（By Qubit™ RNA IQ Assay Kit）＞4 RIN（By Agilent 2100）＞3 DV200（By Agilent 2100；＞200 nt RNA所占比例）＞50%
	条带检测法	2%的琼脂糖凝胶电泳或生物分析仪，如 Agilent 2100、Bioptic（Qsep）进行样本完整性评估。

总 RNA 的双链 DNA 转化效率低的原因？

完整标题：总 RNA 的双链 DNA 转化效率低的原因？ 实验过程中须使用 RNase-free 耗材，操作环境确保无 RNase 污染，否则将严重影响双链 DNA 产量。此外，RNA 样本如含有过多的螯合剂、胍盐、苯酚、乙醇等杂质，也会影响后续的酶反应导致产量下降，建议使用 NadPrep^® SP Beads 进行纯化。

该产品是否适用于降解严重的 FFPE 样本？

完整标题：该产品是否适用于降解严重的 FFPE 样本？ 本产品适用于绝大部分不同等级的细胞、组织来源的 RNA，但降解严重（DV 200 < 30%）的 FFPE 组织来源 RNA 样本转化的双链 DNA，其靶向捕获效率将显著降低。使用 FFPE 组织来源的样本进行 RNA 靶向捕获测序时，推荐适度增加 RNA 投入量，以提升靶向捕获效率。

FFPE 组织来源 RNA 的质控分级为何使用 DV 200？

完整标题：FFPE 组织来源 RNA 的质控分级为何使用 DV 200？ 经甲醛固定、石蜡包埋的 FFPE 组织提取的 RNA RIN 值一般较小，多集中在 2.0 左右，而 DV 200 值相差较大，更能反映 RNA 的实际降解程度。因此，推荐 DV 200 作为 FFPE 组织来源 RNA 的质控分级参考。

该产品是否适用总 RNA 建库测序？

完整标题：该产品是否适用总 RNA 建库测序？ 可以。本产品还可搭配 rRNA 去除模块用于去除 rRNA 后测序 (rRNA-depleted RNA-seq) 的文库制备，推荐使用纳昂达 NadPrep^® rRNA 快速封阻模块 (NadPrep^® rRNA Blocking Regent (Human)，货号 1002901 或 1002902)。

产品	详情	货号
NadPrep^®️ Total RNA-To-DNA Module, 24 rxn	24 rxn	1002401
NadPrep^®️ Total RNA-To-DNA Module, 96 rxn	96 rxn	1002402

本产品仅限研究使用，不用于临床诊断。

产品资料

应用指南

DEMO数据

RNAcap_NanOnco_Plus_Panel_v2.0_GW-OPSM001_MGI

完整标题：RNAcap_NanOnco_Plus_Panel_v2.0_GW-OPSM001_MGI 肿瘤融合 FFPE 标准品（菁良，GW-OPSM001），以总 RNA 的 NGS 靶向前处理模块（货号 1002402）得到双链 DNA，以 Nanodigmbio NadPrep (for MGI) 系列建库试剂盒建库，NanOnco Plus Panel v2.0、ExR Panel、HiSNP panel 靶向捕获的测试数据。

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RNAcap_NanOnco_Plus_Panel_v2.0_K562_MGI

完整标题：RNAcap_NanOnco_Plus_Panel_v2.0_K562_MGI K562 细胞系 RNA，以总 RNA的 NGS 靶向前处理模块（货号 1002402）得到双链 DNA，以 Nanodigmbio NadPrep (for MGI) 系列建库试剂盒建库，NanOnco Plus Panel v2.0、Ext-RNA Control Panel v1.0、HiSNP panel 靶向捕获的测试数据。

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RNAcap_NanOnco_Plus_Panel_v2.0_K562_MGI

完整标题：RNAcap_NanOnco_Plus_Panel_v2.0_K562_MGI K562 细胞系 RNA，以总 RNA 的 NGS 靶向前处理模块（货号 1002402）得到双链 DNA，以 Nanodigmbio NadPrep (for MGI) 系列建库试剂盒建库，NanOnco Plus Panel v2.0、Ext-RNA Control Panel v1.0、HiSNP panel 靶向捕获的测试数据。

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